Кто заметил, что даже на нормальном железе *nix-система иногда жмется в скорости? Был такой момент, решил покопаться, что реально тормозит. Первое с чего начал — проверил нагрузку на диск и процессор через top и iostat. Иногда банальная избыточная swap-подкачка убивает быстродействие, особенно если RAM жмет. Тут помогает настройка swappiness, чтобы система не лезла в своп без крайней нужды.

Еще момент — тяжёлые ненужные сервисы, которые стартуют вместе с системой. У меня на FreeBSD, например, ненужный cups выключил — дыра в памяти и процессоре подзаткнулась. Аналогично на Linux в systemd-list-unit можно глянуть активные демоны и отключить лишнее.

Файловая система тоже не всех устраивает. Иногда ext4 или ufs не идеально работают с конкретным диском, пробовал zfs — правда, на сервере, там свои плюсы и минусы. В целом, для скорости важна правильная монтировка (noatime - это простое, но эффективное улучшение).

Сетевые настройки — отдельная история. Если с сетью работать активно, рекомендую посмотреть tcp_tune и sysctl параметры, в частности увеличение буферов.

Прокачивайте свои топ, iotop, vmstat. Без них никуда. Самое болезненное — систематический мониторинг, иначе не поймать, что тормозит.

Как вообще у вас обстоят дела с настройкой? Чего-то круче того, что описал, применяете?