Если ребята только встают на путь Linux или FreeBSD и ломают голову, чем конкретно работать, могу поделиться пару мыслями. Главное — понять, для чего именно нужен инструмент. Например, если речь о системном администрировании — тут ключевые помощники это ssh-клиенты (putty, терминалы из коробки), tmux или screen для мультизадачности, и утилиты типа htop, iotop, netstat для мониторинга.

А если программировать, то тут уже зависит от языка. Для Python — vim, nano, или какой-нибудь Lightweight IDE, у кого-то Emacs в фаворе, а кто-то сразу ставит IDE с GUI — тут тоже вопрос привычки. Для продвинутой работы с сетью есть nmap, tcpdump, wireshark, но они нужны по делу, не стоит нагружать ими первые шаги.

Чтобы не утонуть в море софта, советую пройтись по основным задачам, которые будут чаще: редактирование, поиск, мониторинг ресурсов, работа с логами. Можно и почитать man-страницы выбранных инструментов — это сразу дает понять, подходит ли инструмент под конкретные потребности. Ещё удобно смотреть какие инструменты рекомендуют в популярных туториалах по настройке Linux/BSD.

И реально, иногда проще пробовать разные варианты — часто то, что тебе удобнее, зависит именно от личных предпочтений и того, как ты планируешь использовать систему. А у вас есть уж проверенные по жизни любимые утилиты?