За последние пару лет заметил, что при работе с Linux и FreeBSD основные заморочки часто связаны не с ОС в принципе, а с тем, как настроен конкретный софт и железо. Чтобы не переться через сотню манов и форумов, обычно сначала смотрю пару вещей: какие системные логи пишутся, есть ли конфликты с драйверами и насколько стабильно запускается нужный сервис. Если, скажем, что-то с сетью — сразу проверяю конфиги, потом — с помощью tcpdump пробую понять, где пакеты затыкаются. Сейчас часто юзаю systemd-analyze, чтобы понять, что именно тормозит загрузку, в BSD с этим сложнее, но там помогает devd и tail -F /var/log/messages.