Для тех, кто только с *nix зашел, совет простой: не пытайтесь объять всё сразу, иначе быстро устанете. Первое, что стоит понять — как устроена файловая система и права доступа. Без этого будет больно ловить ошибки запуска программ и обновления. Второе — базовые команды, которые пригодятся в любой системе: ls, cd, cp, mv, chmod, chown, ps, top и др. Их лучше не учить по списку, а применять сразу — например, копировать файлы, менять права, смотреть процессы.

FreeBSD отличается от Linux в деталях, особенно в администрировании пакетов и запуске служб, так что лучше смотреть документацию конкретной ОС, но фундамент очень похож. Часто новички удивляются, почему sudo не всегда есть, а root отдельно, или почему systemd нет — в BSD там своя магия с rc-скриптами.

Проверяйте сразу, что ваша консоль нормально работает, что можно подключиться по SSH, если нужен удалённый доступ — часто мелкие грабли именно на этой стадии.

В целом, лучшая практика — поставить минимальную систему, прописать базовые настройки сети и пользователя, а дальше через руки. Есть смысл сразу залезть в конфиги, посмотреть, как заданы права, как запускаются демоны. Если комфортно работать с терминалом — кайф жду. А если есть сомнения, спрашивайте, какие нюансы именно вас удивляют, может, подсказками помогу.