Известно по меньшей мере три пути обнаружения VM-Ware, которые используют многие программы(webmoney) и вири (которые отказываются работать под виртуалкой)

Во-первых, по оборудованию.
Виртуальные машины несут на своем борту довольно волшебный набор железа, практически не встречающийся в "живой природе":
а) видеокарта VMware Inc [VMware SVGA II] PCI Display Adapter;
б) сетевая карта: Advanced Micro Devices [AMD] 79c970 [PCnet 32 LANCE] (rev 10);
в) жесткие диски: VMware Virtual IDE Hard Drive и VMware SCSI Controller.
Опросив конфигурацию оборудования, вирь или прога сразу поймет где он.

Во-вторых,
виртуальные сетевые карты имеют довольно предсказуемый диапазон MAC-адресов,
а именно: 00-05-69-xx-xx-xx, 00-0C-29-xx-xx-xx и 00-50-56-xx-xx-xx.


В-третьих, VM-Ware имеет коварный backdoor,
оставленный разработчиками для служебных целей и управляемый через порт 5658h,
при этом в регистре EAX должно содержатся "магическое" число 564D5868h.
Следующие инструкции используются для вызова функций управления:

MOV EAX, 564D5868h ; Magic Number
MOV EBX, COMMAND_SPECIFIC_PARAMETER
MOV ECX, BACKDOOR_COMMAND_NUMBER
MOV DX, 5658h ; Port Number

IN EAX, DX
Вначале в регистр EAX помещается “магическое” число, которое используется для аутентификации команд. В регистре EBX хранятся параметры команд. Сами команды загружаются в ECX. В следующей таблице дан краткий обзор некоторых команд:
Номер
команды Описание
00h..03h ?
04h Получить текущее положение курсора
05h Установить текущее положение курсора
06h Получить объем данных в буфере обмена хоста
07h Прочитать данные из буфера обмена хоста
08h Установить объем данных, отсылаемый в буфер обмена хоста
09h Отправить данные в буфер обмена хоста
0Ah Получить версию VMware
0Bh Получить информацию об устройстве


Всего поддерживается как минимум 15 команд. В регистре DX содержится номер порта ввода/вывода и с помощью инструкции IN команда исполняется. Ясно, что с помощью VMware I/O backdoor можно вмешиваться в работу запущенного VMware.

(взято из статей 1, 2
)
Народ у кого есть патч ?
кто может скомпелить http://honeynet.rstack.org/tools/vmpatch.c