Раньше автозагрузка была проще — все ярлыки в одной папке лежали, легко глянуть и убрать лишнее. Сейчас же проги могут свои штуки ставить и диспетчер задач не всегда видит всё. Реестр, конечно, зверь, но уже как крайний вариант, чтобы что-то вычесать из системы. В итоге проще проверять и папку, и таск-менеджер, и настройки самих программ.