Раньше просто глядел, что запущено и какие порты виснут, сейчас Lynis подсел — удобная штука, быстро показывает, где труха. Ну и права на /etc/-файлы всегда щупаю, всякой мелочи часто не заметишь, а потом бяда вылезает. Вроде простаки дела, но без них и не разберёшься, что реально на сервере происходит.