Знаю что тема старая, дабы не создавать новую, спрошу здесь, есть пара zip архивов из которых я успешно извлек хеши, собственно подсовую их john-у и он в упор не видит эти хеши... собственно john-ом я пользуюсь уже не первый раз да и данную задачу приходилось решать....

как пробовал:

john --forma=zip --wordlist=/usr/share/wordlists/rockyou.txt ./zip.hash

результат:

Using default input encoding: UTF-8

No password hashes loaded (see FAQ)