Если совсем новичок, сразу врываться в Linux или FreeBSD — это, конечно, вызов. Linux с его дистрибутивами чуть проще за счёт инсталляторов, софта и поддержки, но всё равно надо готовить себя к терминалу и возможным глюкам. FreeBSD больше для тех, кто не боится читать документацию и разбираться в деталях. В общем, Linux — проще для старта, FreeBSD — полезнее, если хочешь глубже понять систему.