файл на входе:
 mail@site.ru 
<mm>billi-huilli@microsoft.com<mm>
rere milo@mail.com rere

скрипт:
#!/usr/bin/perl

open (html, '<file.txt');
open (mila, '>mila.txt');
while (<html>) {
if ($_ =~ /[ |>|;](.+@.+.\w+)[ |<|&]/gi) {
print mila "$1\n";
}
}
close html;
close mila;

на выходе:
mail@site.ru
billi-huilli@microsoft.com
milo@mail.com