Собственно, systemd реально удобнее cron для постоянных задач, да и замаскировать сервис вполне можно. SSH-ключи работают тихо, если права не облажать. LD_PRELOAD — интересный вариант для быстрого подлога, но долго прятаться с ним сложно. Rootkit — это уже очень серьёзно и опасно, для учебы можно, но на практике лучше осторожней с этим. Лучший подход — пробовать разные методы вместе, тогда устойчивее.