Передозировка.Учитесь сами все делать,не доверяйте посторонним людям,особенно в интернете.

Я понимаю если бы яндекс сайт забанил, но он то не забанил...

Любые появления большого кол-ва ссылок (особенно по одинаковым анкорам) в короткие промежутки времени, негативно сказываются на индексации и выдаче. Ситуацию могут усугубить так же ссыли с некачественных каталогов (нулевые с большой концентрацией ссылей, каталоги в бане и т.п.)

Тут действительно можно очень круто встрять. А продавец прогона - школьнег, скачавший крякнутый Allsubmitter 4.7, первую базу каталогов из паблика, и составивший проект за минуту. Надо тчательнее выбирать поставщика услуг.

Смотрел почту, не по одинаковым анкорам спамил.
Мне интересно, обычно после не качетвенного прогона сайт банят, почему мой не забанил яндекс? Ведёт он себя странно, видимо сперва удалил все мои страницы, теперь обратно их сканит к себе в базу... Аномалия какая-то

Яндекс в этом плане - не показатель. Постоянно меняет алгоритмы, выдача и кэширование, при этом ведут себя более, чем странно. Сам факт выпадения каких-то страниц из индекса плох и свидетельствует о некачественном прогоне.

Прогон может был и качественный, просто наверно дело в очень быстром прогоне...

Да, в полне возможно. Ни один ПС не рад быстрому прибавлению бэклинков.

ТС имхо ответы более чем достаточные. на будущее прогоняй лучше сам, собери базу и вперед с песней.

Если бы умел, конечно бы сам прогнал, но решил не мораться и заплатить совсем не так уж и много денег.