Бракованая флеха, софтом тут не поможешь (ну если только разбивать большие файлы )
как-то друг купил наружный винт на 80 Гб, у него та-же проблема была, сдал в сервис центр, ему так его с браком и вернули. Потом мы сами переставили контролер с левого винта (тоже наружного), вот тогда все нормально стало с чтением больших файлов.