я думаю можно сделать так



Примерно так будет

Подробно смотрим команду reg add /? и вписываем reg add "hku\%%i\разделы что надо добавить.

Пример: reg add "hku\%%i\console" /v MYSTEST /r reg_dword /d 5

%username% будет браться имя пользователя от которого будет запущен bat script