Скорее всего у тебя прописались в корнях дисков файлы autorun.inf и при чистке системы затронуты системные файлы, может даже и реестр.
Решение проблемы - заходишь FAR manager-ом или Total Comander-ом, включаешь отображение скрытых файлов (если вирус еще живой в Проводнике не даст этого сделать) и удаляешь autorun.ini из корней всех дисков.
Если не поможет - лучший совет: переставить винду. Если не хочешь переформатировать все диски, то загрузись под ДОСом и сотри со всех дисков папки Recycler, а также SystemVolumeInformation - такие вирусы обычно там прячутся.