<?php лучше использовать, так как бывают серверы где апач не считает короткую запись (<?)за пхп...
yдaлeниe кoммeнтapиeв, лишниx пpoбeлoв и пepeвoдoв cтpoк, нeнyжныx cимвoлoв, иx зaмeнa
Все это НЕсильно влияют на работу скрипта,но если рассудить логически, что нужно сделать интерпритатору:
1)Взять строку.
2)Анализировать строку
Если из пунтка два можно получить комманды то:
3)Интерпритировать код
4)Выполнить комманды , которые получились из пункта три.
Так вот это конечно все только приблизительно,но все же,помыслим:
Интересное начинается во 2 пункте...
Интрерпритатору нужно просмотреть взятую строку,если это не коментарий,то анализировать синтаксис.Значит интерпритатору нужно еще определять коментарий ли это,если например в предыдущей части взятого кода встречается "/*" то интерпритатору нужно найти символ закрывающий коментарий "*/", а это занимает процессорное время и память(нужно ведь запомнить откуда начинается коментарий).
То есть теоритически,коментарии замедляют выполнение скрипта,но естественно это замедление незначительное.Но это только мое мнение,возможно ошибочное, т.к. нужно знать алгоритм работы компилятора,мы же можем только предпологать.
Вопще оптимизация скриптов дело тонкое,мало что зависит от коментариев,пробелов и т.п намного больше оптимизация зависит от используемых функций
зы Все выше-перечисленное ИМХО