SATA может работать в двух режимах - Legacy Mode (режим
совместимости с PATA) и Native Mode; как правило, соответствующие настройки есть в BIOS. Для Native Mode всё просто и понятно - SATA-часть представляется как отдельное PCI-устройство, никак не
пересекающееся с PATA; соответственно, PATA поддерживается через обычные драйверы ide, а SATA - через ata_piix. А вот в Legacy Mode SATA засовывается вместо одного из каналов обычного IDE-контроллера;
этот режим тоже поддерживается, но достаточно извращённым методом, и всё равно могут наблюдаться какие-то проблемы, поэтому рекомендуется ставить Native Mode.