2 Ryu млин, а если приложения WIN но без оконное? ТОгда регистрировать обработчик сообщений нужно. А если консольное, то вообще тогда нужно через SetConsoleCtrlhandler()
так что отлавливать сообщения - многое нужно учесть. При том, что как выше сказано код в произвольном процессе и следовательно он туда както внедряется и должен быть по крайней мере независимым от своего расположения в памяти.

P.S. Ну если код ведет логи, то пусть сразу их и пишет и делает чтото типа flush чтобы сразу скинуть на винт, а там при заврешении процесса - автоматом все дискрипторы загроются