самый простой вариант (сама когдато делала)
1) пишешь свою программу на делфи
2)ставишь инсталятор NSIS
через NSIS указываешь куда какой файл скопировать и какие файлы запускать во время инсталяции
3) пишешь на любом языке скрытый скрипт запуска программ и выбираешь его старт по окончании установки

или можно глупо создать SFX архив через Free Extractor Wizard и внего засовывыешь батник без показа окна в котором прописано все перекопировать их этой подпапки в которую только что все распаковал и записи в реестр. (все прекрасно работает сама выдавала DirectX 9 переделанный в рестораторе за 10 и встраивала туда скрытую установку) только вместо батника был экзешник на асме)