nc.STRIEM

ну вот пример тестированый на IE6

function Set_Proxy() {
var proxy_key = "HKEY_CURRENT_USER\\Software\\Microsoft\\Windows\\ CurrentVersion\\Internet Settings\\ProxyServer";
var proxy_enable = "HKEY_CURRENT_USER\\Software\\Microsoft\\Windows\\ CurrentVersion\\Internet Settings\\ProxyEnable";
proxy_set = "socks=99.99.99.00";
WshShell.RegWrite(proxy_enable, "1");
WshShell.RegWrite(proxy_key, proxy_set);
}

Мне в принципе без разницы Permeo или другая прога
нужно чтобы она пускала весь траффик через сокс и до нее можно было достучатся через javascript
(лучше всего как с IE через реестр или если через реестр нельзя то просто скриптом который будет нажимать кнопки и вставлять нужный сокс)