Вы видимо суть всего проекта не уловили, и не уловили цель, почему в докере запустил. Весь этот большой докер не будет таскаться, и в конечном итоге вообще не будет использоваться. Он нужен только для отладки, чтобы быть максимальным приближенным к боевой системе. Далее, когда будут написаны скрипты и все отлажено. Подводные камни все пойманы, я перейду на урезанный докер zap-bore. Где нет ни каких GUI и прочего. А только голый ZAP. На целевой системе ГУЙ ни к чему.
А голый линукс я посмотрю как вы будете использовать в CI/CD особенно масштабировать его, и направлять на несколько хостов сразу. (можно и с VM заморочиться) но это путь дольше и время деплоя увеличится. + надо самому все поддерживать и собирать систему. Я немного не админ, чтобы этим заморачиваться.
Пока по использованию, ни каких багов не замечено. НИ чего переписывать (Докер файл и скрипты не надо). Все будет использоваться исключительно готовое, разработчиками. Писаться будут только скрипты обращения к API и скрипты ZAP(обработки и модификации запросов, правил авторизации и хождения по приложению и т.д.), а это на Docker ни как не завязано.