Обновляешься до последнего резлиза )



Вариантов, конечно, несколько
1. Установить виртуалку с рабочей версией Kali только под компиляцию. Для остальных нужд использовать хостовую систему.
2. Работать на версии, в которой нет проблем с установкой. Новые версии Kali запускать или с флешки, или в виртуалке.