В отличие от JavaScript, Java является полноценным языком программирования и (как следствие) программы на Java обладают значительно более широкими возможностями (в частности, это касается определения настроек Вашего браузера и различных функций для работы с Internet). То есть программы на Java могут легко определить Ваш IP и практически любые настройки браузера.

Что касается защиты от определения Вашего IP адреса с помощью Java, то тут все сложнее: самым надежным (и вероятно практически единственным) способом является полный запрет Java, поскольку Java имеет очень много различных сетевых функций и проблематично запретить их все.