Да, естественно, перед любым процессом сканирования придется трафик гнать через proxy.
Но когда это клиент, ты не знаешь, какие данные он туда всунет. Может ты будешь сканировать sfb.ru(перепутал буквы),а потом к тебе придут. Наличие шифрования между твоим компом и их(PT) сервером ни каких гарантий не дает.
Я бы на месте PT бы сразу в трафик добавлял бы мета параметры твой комп, ip за натом, ip public, user-name и может еще что-то.
Очень удобно,) Если будешь сканить сайт важных ребят, то PT с особой любезностью передадут важным ребятам эти мета-данные.