Если линукс, то для начала определись где у тебя ненужные файлы. (а ты уверен что они не нужны?, линукс это не форточки)
А так выше все правильно написали. (apt autoremove)
apt remove (если хочешь хардкора можешь еще --purge добавить)
ну либо yum remove для (radhat подобных).

а то что было вечером 100 гигов а утром стало 50 =) посмотри, лог файлы, наличие crash dump, а то может там собака зарылась.
df -h
cd && du -h -d 1