Собственно несколько таблиц+несколько ключей....задача довольно тривиальна...
Читай доку по MySQL, в частности PRIMARY KEY, FOREIGN KEY, SELECT, условие WHERE, LIKE и про полнотекстовый поиск...с драйвером решай сам - в MyISAM хороший поиск(полнотекстовый), но беда с ключами...я бы выбрал InnoBD.
Думаю что надо так: Создаешь базу со студентами(поля - ФИО, номер студака итд итп и внешний ключ на табоицу с предметами), базу с предметами, где имя полей - сами предметы, а значения - оценки и выбирай из базы...
Что-то в духе SELECT * from tbl_marks WHRERE tbl_marks.id_predmet = tbl_students.predmet_id - выберет все предметы и оценки, а парсить уже в скрипте можно!
В общем _http://dev.mysql.com/ - отличный учебник по MySQL...