Безусловно скрипт не имеет смысла и не от чего не защищает. Защита от инклюда файлов должна быть сделана на основании серии исследований:

1) Проверка контрольной суммы всех файлов.
2) Поиск записей в файлах, которые попадают под возможности шела (типа инклюде, eval , system и т. д.) . Файлы в которых нужны эти функции и места в них помечаются (хотя по любому проверка мд5 такие файлы защитит).
3) Создаем серию ловушек. Типо файлы конфигов и мониторим время их просмотра. В случае измениния времени начинаем думать какая зараза смотрит наши файлы.

Этого будет достаточно. Могу тоже самое продолжить про мониторинг всег sql инъекций, но это на уровне шаре хостинга реализовать сложнее.