Ded MustD!e, если юзаешь винду, лучше юзай не \n а \r\n ато в нотпаде будешь видеть квадратики...
Piflit, я лично прописывал в цикл if(file_exists('stop.txt')) exit; и когда нужно останосить бота (или чё там у тебя) создаешь файл stop.txt