Я тоже недавно начал всерьёз копаться, и htop реально стал незаменимым — намного удобнее, чем просто топ. Ещё для копирования и бэкапа пристально смотрю в сторону rsync, он оказывается мощный и гибкий. С логами проще работать через journalctl, чем через обычный tail, по мне так. Пока хватает этих трёх простых инструментов, чтобы не теряться в системе.