Если честно, я тоже начинал с простых инпутов и бесплатных сканеров — поначалу много лишнего, а полезного мало. Главное — не гнаться за идеалом и проверять руками самые очевидные места, где принимаются данные от пользователя. Автоматика — это помощник, а не панацея, лучше потом постепенно «подчищать» найденное, чтобы не сломать логику. Со временем проще станет на глаз сразу подозрительные моменты находить.