Точно подмечено. Часто сканеры только морока и лишний шум создают, а реально проблемы сидят в простых местах вроде прав доступа или старых библиотек. Помню, раньше без всяких автоматов просто лазил по конфигам и быстро выявлял косяки. Логика приложения — это вообще отдельная история, без неё и лучший сканер ничего толком не покажет. Главное — не забывать копать глубже, а не надеяться на кнопки «проверить».