Lynis реально выручает, если не хочешь копаться в куче конфигов вручную. Правда, иногда стоит глянуть руками, особенно права на /etc и список сервисов через systemctl — там обычно видно, кто и что дергает. netstat или ss тоже часто подкидывают нужную инфу, чтобы не пропустить открытые порты и лишние подключения. В проекте мало времени, а они помогают быстро нащупать проблемные места.