Согласен, .env норм для локалки и мелких проектов. Но как только начинаешь масштабироваться — проще сразу внедрить менеджер секретов, чтобы не бегать потом и не менять по всей базе ключи. Иногда мелочи с доступами и правами на файл решают много проблем, а не только хранение в одном месте.