Мне кажется, самый частый косяк — это забытые права на файлы и папки, из-за которых можно получить доступ к тому, что не надо. Ещё стоит всегда проверять, чтобы ошибки не светились пользователям, иначе сразу понятно, где что. Сканеры полезны, но лучше их запускать и самому ковырять, тогда шансов пропустить что-то меньше.