У меня иногда тормозит система из-за того, что процессы намертво цепляются к одному ядру, хотя остальные отдыхают. Просто таскаю потом с помощью taskset, чтобы равномернее нагрузить CPU — отклик становится живее. И swap подглядываю, если он начинает жрать всё подряд, там часто проблемы с памятью.