Пока что для себя взял htop и rsync — реально удобнее и быстрее, чем стандартные штуки. Ещё journalctl нравится, там с логами проще работать, чем через обычный tail. Пока набираюсь опыта, но эти базовые инструменты уже помагают не потеряться в системе.