Соглашусь, что FreeBSD реально проще по структуре, но с настройкой иногда долго крутишься, особенно если нужен не совсем стандартный софт. Linux выигрышен в плане разнообразия и быстрой сборки окружения, но порой всё это хаотично и требует постоянной подгонки. В итоге выбор сильно зависит от задач: стабильность и контроль — BSD, гибкость и быстрота — Linux.