PDO — это прям как швейцарский нож для работы с базой, только если не задёргать правильные настройки, он может стать головной болью. Особенно не забудьте про utf8mb4 и исключения, иначе потом будете на баги вечно палить. А вот эти эмулированные prepares — хитрая штука, они вроде удобны, но иногда подводят по безопасности. В общем, не надо лишнего перфекционизма, просто не лейте переменные прямо в запросы, и всё пойдёт легче.