Раньше вообще почти в открытый текст ключи писали — и ничего, пока не сливал кто. Сейчас нормально, что переменные окружения почти стандарт, и не пушишь их в гит. Для более серьёзных штук менеджеры секретов уже обязательны, иначе много багов и гемора потом с утечками. Главное, чтобы к самому серверу и окружению доступ был под замком, тогда хоть как храни — будет норм.