Самое тяжелое — привыкнуть к разным менеджерам пакетов и конфигам сети. Linux и FreeBSD на самом деле похожи по командам, но структура настроек — другая, и именно это сбивает с толку. Лучше сразу не спешить с экспериментами на рабочей машине, а тестить в виртуалке, чтобы без проблем учиться. И не бойтесь мануалов — они реально помогают разобраться.