Часто забывают обратить внимание на настройки sysctl — там много важных штук для безопасности и производительности. Особенно полезно глянуть параметры сети и ограничения памяти. Еще полезно проверить, что в cron нет лишних задач — иногда там запускаются странные скрипты, которые могут грузить систему или создавать брешь. В остальном, базовые проверки, как тут уже писали, дают хороший обзор.