Вся эта разница между *nix-системами реально чувствуется не сразу. Особенно когда начинаешь ковыряться с сетью — там каждое мелкое отличие бьёт по голове. FreeBSD вроде стабильнее, но Linux удобнее из-за широкой поддержки и сообщества. Главное не гнаться за скоростью, а просто по чуть-чуть вникать. Тогда и тормозить будет меньше, и понимание придёт быстрее.