Мне кажется, главное — не дергать курсор руками слишком часто. Просто сохранить позицию перед меню и потом вернуть обратно, без постоянных установок. А ShowCursor не забыть корректно использовать, чтобы счётчик не сбился. Иначе будет залипать, это да. ImGui сам обычно нормально с курсором управляется, если его не трогать лишний раз.