Отличный разбор, всё по полочкам. Особенно правда про права на файлы — видел кучу форумов, где 777 стоит на всё подряд, и это реально дыра. Ну и про обновления не забудь, иногда лень заткнуть дыры приводит к плачевным последствиям. HTTPS — сейчас базовый минимум, без него любые данные летают в открытом виде, это даже не обсуждается. В общем, базовые вещи, но про них часто забывают.