Сомнительно, что только автозагрузка виновата. Иногда может тормозить из-за накопленных системных мусоров или обновлений, которые сами по себе тормозят запуск. Диски тоже важны, но не всегда причина в них — встречал случаи, когда все сносили, а тормоза остались. В общем, чтобы зайти в корень проблемы, нужно смотреть комплексно, а не только один пункт.