Я стараюсь всегда перед деплоем проверить, чтоб все файлы были с правильными правами, а то пару раз из-за этого вылетали ошибки в логах. Еще полезно сбросить кеш, иначе новые изменения могут не примениться сразу, а это замедляет поиск проблем. Миграции тоже важно прогонять, чтоб база не ушла в странное состояние. Пока не уверен, что всё учел, но эти простые вещи уже спасают.