Если база большая и постоянно растёт, лучше разбивать на части, чтобы не упереться в тормоза и хаос. Но если команда небольшая и тема узкая — проще одной, чтобы не путаться с ссылками и доступом. Главное — искать быстро и чтоб структура была понятной, иначе весь смысл теряется.