Точно, первый подозреваемый — куча запросов в базу без индексов и кэширования. Если сессии не чистятся, то они тоже тормозить могут, особенно на динамичных сайтах. Иногда помогает просто убрать повторные запросы в циклах — банально, но эффективно. Опенкэш чаще всего спасает, если его подключить правильно. И ещё глянь на логи и профилирование, может где-то аутсайдер спрятался.