Главное — не забывать про логи и мониторинг, иначе при атаке просто не поймёшь, что именно происходит. Часто сервера падают из-за неправильных лимитов на соединения или из-за запоздалых обновлений защитных модулей. Даже простые правила в iptables иногда спасают, если их хорошо прописать.