Часто хватает простых проверок — обновить всё, заглянуть в логи и проверить, что нет дыр в доступах вроде открытых админок или старых файлов. Автоматические сканеры хорошо ставят примерные точки, но ручная проверка помогает заметить что-то странное с поведением сайта. Особенно если пройтись, как будто ты обычный пользователь — иногда там видны уязвимости, которые сканер не ловит.